Эмир Кустурица (Emir Kusturica) родился 24 ноября 1954-о года в Сараево, в семье Мурата Кустурицы (Murat Kusturica) — члена Коммунистической партии и работника Министерства информации Боснии и Герцеговины. В 18 лет юноша поступил на факультет кино и телевидения престижной Академии исполнительских искусств (FAMU) в Праге.  Дипломный фильм Кустурицы, "Герника" (1978), рассказывал о мальчике из еврейской семьи в конце 1930-х годов и получил главный приз на фестивале студенческого кино в Карловых Варах.

В 1981-м году состоялся полнометражный дебют Эмира Кустурицы с картиной "Помнишь ли ты Долли Белл?" - о детстве и взрослении сараевского подростка шестидесятых годов. Произведение принесло режиссеру приз за лучший дебютный фильм и приз ФИПРЕССИ на международном кинофестивале в Венеции. Следующая работа, "Папа в командировке", (1985) была посвящена послевоенным годам в Югославии, увиденными глазами ребенка. Фильм пполучил Золотую пальмовую ветвь на Каннском фестивале, а также номинации на Оскар и Золотой глобус.

В 1986-м году в качестве бас-гитариста Эмир Кустурица присоединился к группе The No Smoking Orchestra и поучавствовал в записи альбома Pozdrav iz Zemlje Safari (1987), но вскоре покинул музыкантов ради съемок фильма "Время цыган". Картина эта стала первой в истории о цыганах и на цыганском языке. Саундтрек написал Горан Брегович (Goran Bregović), с которым Кустурица сотрудничал и в следующих двух своих фильмах - "Аризонская мечта" и "Андеграунд".

В начале 1990-х Эмир Кустурица был приглашен Милошем Форманом (Miloš Forman) читать лекции в Колумбийском университете. В США режиссер снял пока что единственную "голливудскую" ленту в своей карьере - "Аризонскую мечту" (1993), за которую получил Серебряного медведя Берлинского кинофестиваля.  

В 1992-м году началась Боснийская война. Дом семьи Кустурицы в Сараево был разрушен, отец режиссёра скончался от сердечного приступа, семья нашла убежище в Черногории. Впрочем, Эмир вернулся в Югославию для того, чтобы начать работу над новым фильмом — фантасмагорической черной комедией  "Андеграунд" (1995). Лента принесла ему вторую Золотую пальмовую ветвь Канн.

В это же время Эмир Кустурица возвращается в The No Smoking Orchestra в роли гитариста. Участником коллектива стал и его сын, барабанщик Стрибор Кустурица (Stribor Kusturica). Группа записала саундтрек к новому творению режиссера - комедии "Черная кошка, белый кот". После этого Кустурица вплотную занялся музыкальной карьрой. В 2000-м году вышел успешный альбом Unza Unza Time, к заглавной песне которого Эмир снял видеоклип. В 2004-м году после шестилетнего перерыва появился новый фильм "Жизнь как чудо", к которому The No Smoking Orchestra не только написали саундтрек, но и появились в кадре (Стрибор Кустурица, Нелле Карайлич, Деян Спараволо).
 
Восьмой полнометражный фильм Эмира Кустурицы - "Завет" - вышел  2007-м году; тогда же состоялась премьера панк-оперы "Время цыган", написанной музыкантами The No Smoking Orchestra по мотивам одноименного фильма.

В 2008 году режиссер снял документальный фильм "Марадона" о знаменитом аргентинском футболисте Диего Марадоне (Diego Armando Maradona).